‚Trvá to déle, než jsme čekali.’ Sekvenování v Česku brzdí přechod na nový systém i nedostatek vzorků
V Česku je momentálně dostatek laboratoří, které umí odhalit varianty koronaviru, přesto sekvenují jen minimálně. Podle odborníků, které oslovil iROZHLAS.cz, si ještě nezvykly na nově nastavený systém a přes léto navíc nemají dostatek pozitivních vzorků. „Když je jich málo, tak systém sběru není moc efektivní,“ řekl molekulární biolog Jan Pačes. Do stroje, který umí mutace poznat, se jich totiž musí kvůli ceně v jednu chvíli vložit zhruba sto.
Když se ministr zdravotnictví Adam Vojtěch (za ANO) na konci května vracel do úřadu, zmínil, že se během léta budou muset navýšit kapacity sekvenování. „To je bod, kdy sekvenování bude důležité, lidé se budou vracet z dovolených, tam vidím potenciální riziko dovozu nějakých mutací,“ poznamenal.
Změna k nepoznání. Varianta delta je 2,5krát nakažlivější, ztrátu čichu střídá rýma
Číst článek
Jednoduše řečeno: měly se zajistit státem placené laboratoře, které umí určit mutace ve vzorcích pozitivních na koronavirus.
Obávané varianty viru jako delta nebo gamma skutečně ještě před létem do Česka dorazily a jak ministr avizoval, společně s tím došlo i k mírnému navýšení kapacit. V současnosti se tak laboratoře podle molekulárního biologa Jana Pačesa z Akademie věd zkoumají zhruba pět procent vzorků za týden.
„To je minimální hranice, kterou Evropská unie doporučuje. Jsou státy jako Dánsko nebo Velká Británie, které sekvenují naplno a když mají málo případů, tak sekvenují skoro všechno. Je to vždycky poměr cena a výkon,“ řekl Pačes pro server iROZHLAS.cz. Ideálně by jich podle Evropského střediska pro prevenci a kontrolu mělo kontrolou projít deset procent.
Ačkoli ve srovnání s některými evropskými zeměmi Česko nepatří mezi premianty, v současné situaci to podle Pačesa stačí. Nicméně dodal, že systém se ještě v reálu nerozběhl.
‚Trvá to déle‘
Ideálně by do každé z devíti vybraných sentinelových, tedy spádových, laboratoří v Česku měly přicházet vzorky z určeného regionu. Patří mezi ně odběry, u kterých mutaci odhalilo tzv. diskriminační PCR testování, a také vzorky od lidí, u kterých si lékaři neuměli vysvětlit průběh nemoci. Ty by poté měly putovat do sekvenační laboratoře, která by zhruba do čtrnácti dnů měla ohlásit výsledek.
Reálně ale podle Heleny Jiřincové, šéfky Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění ve Státním zdravotním ústavu, řada míst ještě nesekvenuje.
„Může to být tím, že je málo pozitivních vzorků nebo že jim dodávají vzorky jenom sentinelové laboratoře, ve kterých se musí shromáždit,“ popsala pro server iROZHLAS.cz. „Domnívám se, že systém je nastaven relativně dobře a je třeba ho zajet, ale trvá to déle, než jsme očekávali,“ podotkla.
‚Ministerstvo nenašlo způsob, jak sekvenování zaplatit.‘ Peníze na odhalování mutací může poslat EU
Číst článek
A podobně se vyjádřil i Pačes. „Když je těch vzorků málo, tak ten systém jejich sběru není moc efektivní. My (Akademie věd - pozn. red.) třeba spolupracujeme s Fakultní nemocnicí Bulovka a než se nasbírá dost vzorků pro sekvenátor s nějakou kapacitou, tak to trvá,“ poznamenal Pačes. Do sekvenátoru - stroje, který umí mutace určit - se totiž musí dát najednou zhruba sto odběrů, jinak by bylo jejich zkoumání příliš drahé.
Ministerstvo zdravotnictví s tím ale nesouhlasí. „Během června se většina sekvenačních pracovišť do procesu sekvenování zapojila,“ napsala redakci mluvčí resortu Gabriela Štěpanyová. „Počet sekvenací je přirozeně ovlivněn klidnější epidemickou situací a malým počtem pozitivních vzorků k sekvenaci,“ popsala.
Celý proces se tak během léta může protáhnout i na měsíc a déle. To dokládá i zpráva Národní referenční laboratoře z tohoto týdne. V ní se píše, že „malý podíl vzorků s mutací je dán staršími vzorky odebranými v první polovině června.”
„Není tu důvod vzorky nesekvenovat, musíme znát všechna období. Je to důsledek toho, jak dlouho proces trvá,“ vysvětlila Jiřincová.
Třeba Akademie věd ale nemá zpracované některé odběry z jara. „Jsou to resty. Zpětné vzorky ze začátku roku, kdy jsme to dělali sami za sebe, se tam budou ještě objevovat. I ostatní to tam budou dávat, až budou mít čas,“ popsal Pačes.
Některá centra totiž na jaře sekvenovala „sama za sebe“ a doufala, že stát jim jejich úsilí zpětně proplatí. Nakonec se ale ukázalo, že pro soukromé subjekty není v systému místo a stát je v současnosti nedokáže zafinancovat. Právě tyto organizace ještě budou data do systému vkládat.
Že je třeba i údaje o starších vzorcích doplnit, si myslí i ministerstvo. Štěpanyová ale dodala, že Státní zdravotní ústav má o vzorcích přehled, jen nejsou zanesené v mezinárodní databázy GISAID. „Zmíněná situace tedy nemá vliv na celorepublikový přehled výskytu mutací, je pouze potřeba ji dořešit na odborné úrovni v rámci komunikace laboratoří, tedy Národní referenční laboratoře a Akademie věd,“ vysvětlila.
Brzké rozšíření mutací
Sekvenování se tak i podle zpráv z Národní referenční laboratoře stále nedělá plošně. A Pačes upozornil, že kvůli tomu mohou data někdy zbytečně děsit.
Dominantní mutací koronaviru v Česku se stala delta. Převládá až z 80 procent, uvedl zdravotní ústav
Číst článek
Ukazuje se to například u varianty gamma, která je nyní třetí nejčastější mutací v Česku a zaznamenaly ji hygienické stanice zejména v Pardubickém, Královéhradeckém a Středočeském kraji. Podle Jiřincové ale šlo o vytrasovaný klastr.
„Pokud se to na jednom místě začne objevovat, tak to všechny zajímá a sekvenuje se tam víc, protože kapacity máme. V těch číslech to pak vypadá, jakože se nám tady nějaká varianta objevuje velmi silně, ale ve skutečnosti to může být jedna událost,“ vysvětlil Pačes.
Na základě dostupných informací se tedy tato varianta v Česku nešíří nekontrolovatelně. Data ze zahraničí podle obou expertů navíc ukazují, že v „soutěži šíření“ by gamma nejspíš s variantou delta prohrála.
Sekvenace uveřejněné tento týden ukázaly, že podíl varianty delta, která byla dříve známá jako indická, je už více než 65 procent a je proto dominantní. Diskriminační PCR testy ji pak dokonce zaznamenaly až v 80 procentech vzorků. Mutace alfa (dříve britská), která byla na jaře nejčastější, se nyní nachází jen v desetině odběrů.
Omezení na hranicích?
Na to, co ukazují data ze sekvenací, si v posledních dnech začaly dávat pozor i vládní špičky. Třeba ministr zahraničí Jakub Kulhánek (ČSSD) ve středu nevyloučil, že se znovu budou zavádět opatření na hranicích. Takové kroky ale už podle Jiřincové nepomohou. Zpráva Národní referenční laboratoře z minulého týdne dokonce uvádí, že „nastavení opatření proti importu přišlo pozdě.”
„V současné situaci, kdy tu máme komunitní šíření a v diskriminačních PCR testech převažuje delta, je otázka, do jaké míry jsou opatření proti importu adekvátní,“ uvedla.
„V době, kdy se rozvolňovalo, jsme neměli žádná opatření na hranicích. S rozvolňováním měla být neustále udržována opatření na hranicích, a pak bychom měli nástup delty později, i když by se stejně jednou rozšířila,” doplnila.
A podobně se vyjádřil i molekulární biolog Pačes. „Varianta delta by se sem stejně dostala, protože ji mají všichni sousedi, ale mohla se sem dostat o dva až tři měsíce později a to by znamenalo čas na očkování,“ popsal Pačes.
Ministerstvo ale podle Štěpanyové dělá maximum pro to, aby se výskyt mutací v Česku udržel pod kontrolou. Podotkla, že je například nastavený „systém hodnocení zemí podle míry rizika nákazy“ nebo že ministr Vojtěch zavedl plošný screening pozitivních vzorků diskriminačním PCR.
